home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9605a.zip / M9650162.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-09  |  3KB  |  47 lines
  1.        Document 0162
  2.  DOCN  M9650162
  3.  TI    Helix structure and ends of RNA/DNA hybrids direct the cleavage
  4.        specificity of HIV-1 reverse transcriptase RNase H.
  5.  DT    9605
  6.  AU    Palaniappan C; Fuentes GM; Rodriguez-Rodriguez L; Fay PJ; Bambara RA;
  7.        Department of Biochemistry, University of Rochester, New York; 14642,
  8.        USA.
  9.  SO    J Biol Chem. 1996 Jan 26;271(4):2063-70. Unique Identifier : AIDSLINE
  10.        MED/96147182
  11.  AB    RNA/DNA hybrids in human immunodeficiency virus (HIV) replication are
  12.        cleaved by HIV-1 reverse transcriptase (RT) H in locations determined by
  13.        hybrid structure. Minus strand DNA synthesis is accompanied by cleavage
  14.        of template viral RNA directed by RT positioned at the growing 3' DNA
  15.        end. Some RNA remains as oligomers annealed to the new DNA strand and is
  16.        cut by RTs positioned at the 5' RNA ends. We constructed substrates to
  17.        the test the hypothesis that internal helix structure, rather than
  18.        strand end structure, drives the RT to position at 3' DNA and 5' RNA
  19.        ends. On substrates with an RNA primer recessed on a DNA template, the
  20.        5' end of the RNA had a dominant role in the determination of RNase H
  21.        cleavage positions. If the 5' end region of the RNA could not anneal,
  22.        cleavage would not occur. Nevertheless, we obtained evidence that helix
  23.        structure promotes the binding of RT to the end of the helical region
  24.        closest to the 5' RNA/3' DNA end. When a DNA primer recessed on an RNA
  25.        template had a 3' unannealed region, cleavage occurred, with RT
  26.        positioned solely by helical structure at the 5' RNA/3' DNA end of the
  27.        annealed region of the hybrid. Using substrates having RNA primers
  28.        annealed to circular DNA templates, we showed that cleavage can be
  29.        independent of the presence of a DNA 3'end and is directed by the 5' RNA
  30.        end. Overall, the results suggest that the RT initially binds an
  31.        internal region of the hybrid and then is driven in the direction to
  32.        encounter a 3' DNA or 5' RNA end, where it is positioned for catalysts
  33.        by the strand end. The requirement for two modes of RNA cleavage in
  34.        viral replication and the unexpected requirement for the 5' RNA end
  35.        structure are discussed.
  36.  DE    Base Sequence  DNA Primers/CHEMISTRY  DNA, Single-Stranded/METABOLISM
  37.        DNA, Viral/METABOLISM  Kinetics  Molecular Sequence Data  Nucleic Acid
  38.        Hybridization  Recombinant Proteins  Ribonuclease H, Calf
  39.        Thymus/CHEMISTRY/*METABOLISM  RNA-Directed DNA
  40.        Polymerase/CHEMISTRY/*METABOLISM  RNA, Viral/METABOLISM
  41.        Structure-Activity Relationship  Substrate Specificity  Support, U.S.
  42.        Gov't, P.H.S.  Templates  JOURNAL ARTICLE
  43.  
  44.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  45.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  46.  
  47.